Điều trị nhiễm vi rút rota cấp tính là không cụ thể và bao gồm sự theo dõi và kiểm soát các triệu chứng và quan trọng nhất là duy trì sự cân bằng nước trong cơ thể bệnh nhân (bù nước điện giải).[12] Nếu không được chữa trị, trẻ em có thể tử vong do lượng nước trong cơ thể mất quá nhiều.[53] Tùy thuộc vào mức độ nghiêm trọng của tiêu chảy, điều trị bao gồm uống bù nước điện giải, trong đó trẻ em được cung cấp thêm nước uống chứa một lượng nhỏ muối và đường.[54] Những ca nặng cần phải nhập viện để truyền nước điện giải vào tĩnh mạch hay dùng ống đặt qua lỗ mũi, trong đó nồng độ điện phân và nồng độ đường máu được kiểm soát.[47]

Vi rút rota hiếm khi gây biến chứng khác và đối với những ca được kiểm soát tốt thì tiên lượng là khá chính xác.[55][56] Có một số báo cáo hiếm hoi về những biến chứng liên quan đến hệ thần kinh trung ương (CNS) nơi vi rút rota đã được phát hiện trong chất dịch của hệ thần kinh trong trường hợp của viêm não và viêm màng não,[57][58][59] và những nghiên cứu hiện nay đã xác nhận rằng sự nhiễm vi rút rota không phải luôn luôn giới hạn tại ruột, mà còn có thể gây ra viremia trong đó vi rút đi vào máu và ảnh hưởng đến các bộ phận khác của cơ thể.[60]